Pelaksanaan pendaftaran wisuda dilakukan secara online yang dimulai pada wisuda gelombang II Juni Tahun 2012 Universitas Mulawarman, dengan alur sebagai berikut :

1. Membayar   biaya   pendaftaran sesuai nominal yang ditentukan oleh Universitas Mulawarman pada  Bank BNI, MANDIRI, MUAMALAT, BANK KALTIM (Teller, ATM, Internet Banking, dsb), ATM BERSAMA & PRIMA.
2. Memperoleh PIN yang tertera pada slip pembayaran.
3. Bagi Calon wisudawan yang sudah membayar biaya pendaftaran wisuda di Bank tapi belum memperoleh PIN, dapat menghubungi langsung pada petugas Bank Bersangkutan.
4. PIN yang tertera pada slip pembayaran bank digunakan untuk akses ke internet untuk mendaftarkan diri pada Portal Wisuda http://wisuda.unmul.ac.id
5. Mengisi biodata secara online pada Portal Wisuda http://wisuda.unmul.ac.id dimana saja dan kapan saja (counter internet/warnet) atau memanfaatkan fasilitas internet difakultas masing-masing.
6. Bagi calon wisudawan yang kesulitan mengakses ke sistem online dapat minta bantuan petugas helpdesk di Gedung Rektorat Baru Universitas Mulawarman(Peta : Lihat disini) atau menghubungi kontak person panitia di Bagian Pendidikan BAAK Universitas Mulawarman 
   1. Hidayatul Muttaqien (081520908401)
   2. Achmad Bisri, A.Md (081253387201)
   3. Supiyanto, S.Kom (085250323336)
   4. M. Syahrian Noor, SP (085246911784)
7. Mencetak tanda bukti telah  mendaftar wisuda secara online pada Portal Wisuda http://wisuda.unmul.ac.id
8. Menyerahkan print out tanda bukti telah mendaftar wisuda kepada Panitia Wisuda di Gedung Rektorat Baru Universitas Mulawarman tanggal  15  Mei  s/d  5  Juni  2012   mulai    pukul   08.00  wita s/d 14.30  wita, dengan melampirkan dokumen-dokumen sebagai berikut :
   1. Bukti pembayaran  pendaftaran  wisuda dari PT. Bank BNI (Persero)
   2. Foto copy Surat Keterangan Kelulusan yang telah dilegalisasi oleh Pejabat yang berwenang sebanyak 1 lembar.
   3. Sertifikat TOEFL atau Surat keterangan pernah mengikuti Test TOEFL dari  Balai  Bahasa  Universitas  Mulawarman, Asli beserta foto copy sebanyak 1 lembar.
   4. Surat Keterangan Penyerahan Karya Tulis dari UPT. Perpustakaan Universitas Mulawarman (khusus Lembar Wisuda).
   5. Pas foto hitam putih memakai jas dan berdasi ukuran 3 x 4 cm sebanyak 4  lembar.
9. Bagi calon wisudawan yang tidak meyerahkan print out tanda bukti pendaftaran wisuda online kepada panitia di Gedung Rektorat Baru Universitas Mulawarman(Peta : Lihat disini), beserta dokumen kelengkapannya seperti pada point g ayat 1, 2, 3, 4, dan 5 sesuai batas tanggal yang telah ditentukan, panitia berhak membatalkan sebagai wisudawan Universitas Mulawarman pada periode bersangkutan serta tidak terdaftar dalam buku lulusan.
10. Mengisi formulir penulisan Ijazah, yang sudah ditandatangani oleh  Pembantu Dekan I Fakultas/Pembantu Ketua I Up. Fakultas/Ketua Program Program Studi Pascasarjana,  dan sudah  diberi dicap/stempel,  kemudian  menyerahkan   kepada  petugas  di Bagian  Pendidikan  BAAK  dengan kelengkapan  sebagai   berikut   : 
    1. Foto copy ijazah terakhir yang telah dilegalisasi Pejabat yang berwenang.
    2. Pas foto hitam  putih  terbaru ukuran 3 x 4 cm, memakai  jas  dan  dasi    sebanyak  5  lembar.
    3. Foto copy  Surat  Keterangan  Kelulusan yang  telah  dilegalisasi  oleh  Pejabat  yang   berwenang   sebanyak  1  lembar.
    4. Sertifikat  TOEFL atau  Surat   Keterangan  pernah   mengikuti   Test  TOEFL   dari   UPT.  Balai   Bahasa   Universitas    Mulawarman   Asli,  beserta   foto  copy  sebanyak  1  lembar.